Un anno dopo, persa la guerra e senza più la guida del loro leader, i Cavalieri Neri sono tornati ad essere un gruppo di resistenza clandestino, senza reali prospettive di vittoria. Nel frattempo all'istituto Ashford un immemore Lelouch conduce la sua vita da studente: al suo fianco non c'è più la sorellina Nunally, ma un nuovo "fratello", Rolo. Quando un evento fortuito permette a Lelouch di riacquistare la memoria, scopriamo che il suo stato era causato dal Geass di suo padre, l'imperatore Charles di Britannia, che aveva incaricato Rolo ed altri agenti di controllarlo da vicino. Rivestiti i panni di Zero e liberatosi del controllo imperiale, Lelouch riprende così la sua lotta con il genitore.
